Pra resolver isso existe o Duplicate Cleaner.
Duplicate Cleaner é um programa gratuito pra Windows que te ajuda a encontrar todos os arquivos repetidos do seu computador. Você escolhe a pasta que você quer que ele vasculhe, manda ele analisar e ele te dá uma lista de todos os arquivos duplicados que ele encontrou, te dando a opção de selecionar qual dos duplos você deseja remover.
O que poderia ser perigoso - vai que um arquivo errado vai pro lixo? - fica tranquilo já que você tem a opção de remover os arquivos duplicados para uma pasta nova, para que você possa checar com calma se todos podem ser realmente excluídos.
Você vai se surpreender com a quantidade de espaço preenchido à toa. Vale a pena fazer essa faxina. É rapidinho.